Характеристика генома Mycobacterium tuberculosis генотипа Beijing кластера 100-32 с пре-широкой лекарственной устойчивостью

A whole genome sequencing was performed of strain M. tuberculosis 11502 (NCBI biosamples database, access code SAMN17832565) that was assigned to the Beijing genotype subtype B0/W148 of cluster 100-32, based on the MIRU- VNTR loci (n = 24) structure, a nd t hat exhibited pre-extended d rug resistance. M. tuberculosis 11502 was resistant to isoniazid, rifampicin, ethambutol, levofloxacin, and ethionamide, which correlated with the presence of mutations in the genes: resistance to isoniazid – the mutations in the fabG1 promoter (p.-8T>C), the katG promoter (p.S315T), to ethionamide – the mutations in ethA (deletion of T at position 4 335 027 (gatgc-gagc)); to fluoroquinolones – in the gyrA gene (p.D94G); to ethambutol – in the embB gene (p.M306I); to streptomycin – in the rpsL gene (p.K43R). M. tuberculosis 11502 genome (Gen- Bank NCBI access code – CP070338) contained 4 420 561 base pairs, 4 104 genes, 4 053 CDSs (coding proteins – 3 874) and differed from reference strain M. tuberculosis H37Rv by the presence of 2 055 mutations. A slight drift of mutations towards the G+C accumulation was revealed, which indicates the importance of maintaining a high G+C content in the Mycobacterium spp.genome Strain M. tuberculosis 11502 has a higher number of mutations in comparison to previously sequenced M. tuberculosis 4860 (GenBank Access Code, NCBI: CP053092) belonging to the LAM genotype (2055 vs. 1577 mutations), which may be a consequence of a longer circulation of M. tuberculosis 11502, or some biological features providing the promutagenic effect.Проведено полногеномное секвенирование штамма М. tuberculosis 11502 (база биообразцов NCBI, код доступа SAMN17832565), отнесенного, на основании структуры MIRU-VNTR локусов (n = 24), к генотипу Beijing подтипу B0/W148 кластеру 100-32 и проявлявшего пре-широкую лекарственную устойчивость. Штамм М. tuberculosis 11502 был резистентен к изониазиду, рифампицину, этамбутолу, левофлоксацину, этионамиду, что коррелировало с присутствием в резистоме мутаций в соответствующих генах: к рифампицину – мутации в генах rpoB (p.S450L), rpoC (p.I491T), к изониазиду – в промоторе гена fabG1 (g.-8T>C), промоторе katG (p.S315T), к этионамиду – в ethA (делеция Т в положении 4 335 027 (gatgc-gagc)); к фторхинолонам – в гене gyrA (p.D94G); к этамбутолу – в embB (p.M306I), к стрептомицину – в rpsL (p.K43R). Геном М. tuberculosis 11502 (код доступа GenBank NCBI – CP070338) содержит 4 420 561 пару оснований, 4 104 гена, 4 053 кодирующие последовательности (кодирующие белки – 3 874) и отличается от референтного штамма М. tuberculosis H37Rv присутствием 2 055 мутаций, при этом зарегистрирован незначительный дрейф мутаций в сторону накопления G+C, что свидетельствует о важности поддержания высокого содержания G+C в геноме микобактерий. Геном М. tuberculosis 11502 имеет большее количество мутаций в сравнении с ранее секвенированным штаммом М. tuberculosis 4860 (код доступа в GenBank, NCBI: CP053092.1), относящимся к генотипу LAM (2055 против 1577 мутаций), что может быть результатом более длительной или более активной циркуляции М. tuberculosis 11502, или существования биологических особенностей, обеспечивающих промутагенный эффект

ПРОГРАММНО-ВЫЧИСЛИТЕЛЬНЫЙ КОМПЛЕКС «ОКУНЬ-2» ДЛЯ ОЦЕНКИ МУТАЦИОННОГО ПРОФИЛЯ ГЕНОВ РЕЗИСТЕНТНОСТИ И ВИРУЛЕНТНОСТИ СЕКВЕНИРОВАННЫХ ГЕНОМОВ МИКОБАКТЕРИИ ТУБЕРКУЛЕЗА

Authors describe a new software and computer complex designed and developed for the processing of the data of the whole genomes of mycobacterium tuberculosis with the purpose of obtaining information about the profile of tuberculosis resistance and virulence.Приводится описание нового программно-вычислительного комплекса, предназначенного для обработки данных полных геномов микобактерии туберкулеза человека с целью получения информации о профиле резистентности и вирулентности туберкулеза

Antimicrobial and Amyloidogenic Activity of Peptides. Can Antimicrobial Peptides Be Used against SARS-CoV-2?

At present, much attention is paid to the use of antimicrobial peptides (AMPs) of natural and artificial origin to combat pathogens. AMPs have several points that determine their biological activity. We analyzed the structural properties of AMPs, as well as described their mechanism of action and impact on pathogenic bacteria and viruses. Recently published data on the development of new AMP drugs based on a combination of molecular design and genetic engineering approaches are presented. In this article, we have focused on information on the amyloidogenic properties of AMP. This review examines AMP development strategies from the perspective of the current high prevalence of antibiotic-resistant bacteria, and the potential prospects and challenges of using AMPs against infection caused by severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2)

Additional file 2: of Antimicrobial activity of polyhexamethylene guanidine phosphate in comparison to chlorhexidine using the quantitative suspension method

Table S2. Anti-microbial activity of antiseptics against perio- and cariopathogens in the quantitative suspension method